MNK Ciołek mieści się w renesansowym Pałacu Biskupa Erazma Ciołka. W historycznych wnętrzach prezentowane są dzieła sztuki średniowiecznej i nowożytnej – malarstwo, rzeźba oraz kolekcja sztuki cerkiewnej. Oddział posiada największą w Europie Środkowej kolekcję ikon. Wśród cennych zabytków znajduje się Madonna z Krużlowej – jedno z najwybitniejszych dzieł gotyckiej rzeźby w Polsce. Na uwagę zasługują również późnogotyckie ołtarze z krakowskich kościołów dominikanów i augustianów oraz Modlitwa w Ogrójcu autorstwa Wita Stwosza – wybitnego rzeźbiarza późnego średniowiecza, którego twórczość na trwałe wpisała się w historię europejskiego gotyku.